Ngày 21/4/2017, Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội Nguyễn Đức Chung ký ban hành Quyết định số 2395/QĐ-UBND về chấm dứt hoạt động của Ban Quản lý dự án xây dựng Bảo tàng Hà Nội trực thuộc Bảo tàng Hà Nội và kiện toàn lại chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức, cơ chế tài chính của Bảo tàng Hà Nội trực thuộc Sở Văn hóa và Thể thao thành phố Hà Nội.